助理教授苏菲arbefeville

Lab Medicine & Pathology
医学院
双城
项目名称: 
细菌和真菌鉴定由RNA基因测序/实现下一代测序的用于在脑脊液标本检测的微生物病原

临床微生物实验室的重要作用之一是提供从患者标本中分离细菌和真菌的快速和准确的识别。在临床实验室用于鉴定生物的常规方法依赖于表型特征如微观形态与克反应,生长要求和速率,菌落形态,生化特性。然而,一些生物生长缓慢,挑剔,或者表达不充分融入已知属或种的模式生化特性。识别这样的分离,实验室可能需要求助于潜伏期长的时间,很少使用的媒体或方法,这些方法在大多数实验室常规使用。 ADVAN在遗传方法的发展提供CES临床微生物实验室与细菌鉴定额外的工具,补充传统的表型测试。的识别这些新方法,使用最广泛的是rRNA基因的细菌和真菌的鉴定测序。

16S rRNA基因(约长1,500个碱基对)是在所有的细菌普遍的,在活的相同属和种的生物体高度保守的,但具有相同的属的物种之间有足够的变化,以用于识别细菌的属和种水平。已经证明,从最初的500碱基对的16S rRNA基因的5’ 区域中获得的序列信息通常包含在属水平,并且通常为物种水平足够的序列变化来区分细菌。

这些研究人员在评估多个公共数据库的准确性,正确地给使用RNA基因细菌和真菌的鉴定过程。

相关项目调查新的方法来确定脑膜炎和脑炎的病因。脑膜炎是包围脑和脊髓的膜(脑膜)的感染和脑炎是脑实质的感染。感染剂可以是细菌,病毒,或真菌。两个实体都比较少见,但发病率,死亡率,以及与这两个相关的成本是在美国和世界各地巨大的。快速和底层病原的准确识别直接与患者存活和结果。临床医生依靠诊断测试,以确定潜在的病因到导向治疗,但高达50%的保持由于不理想测试未确诊和缺乏对所有的病原体的诊断测试。 PCR扩增细菌16S rRNA基因的直接测序是已大大改善我们查明感染性微生物,特别是在谁收到了影响细菌的生长之前抗菌治疗患者的能力分子鉴定方法之一。

然而,它并没有显著贡献不明,培养阴性疾病的病原体的身份。也,16S rRNA基因不能被应用到多种微生物标本像脑脓肿(多个模板导致叠加桑格存在读取通常是不可解释的),并且当施加到直接样品由于测试与人DNA的混合物具有低的敏感度。尽管这些进步,培养阴性脑膜炎的发病率/脑炎仍然很高;在大型研究的脑炎病例的50%以上通常保持无标识的病因。像新一代测序更好的诊断技术,是公正无私的病原体的类型,并且可以潜在地用于识别所有可能的致病病原体需要探讨,以确定负责这些无法解释的培养阴性感染的病原体。效率和测序的速度增加;使得有可能向序列中正好小时微生物基因组允许被引入到微生物学诊断的技术。

新一代测序技术已经获得了越来越多的关注临床微生物学领域和即将发生革命性的方式,临床微生物实验室检测和识别病原体。直接利用新一代测序技术从临床标本将提供优化的患者的临床管理需要及时的信息。

项目调查

助理教授苏菲arbefeville
博士。克里斯蒂亨茨勒
托德·克努森
 
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