博士。胡利奥·阿尔瓦雷斯

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兽医学院
双城
项目名称: 
WGS的食源性细菌性病原体(弯曲杆菌,沙门氏菌和大肠杆菌的分析

中心对动物健康和食品安全 (cahfs)在美国明尼苏达大学访问人类和动物(牛,猪和家禽) 空肠弯曲菌 和 沙门氏菌 分离,并深入参与有关食源性人畜共患病和耐药性(AMR)的工作,寻找与人类,动物和在美国食物链某些人畜共患病菌株和AMR现象的出现和持续性相关因素此外,cahfs与欧洲机构实现分离的类似收藏的比较与潜在原因和影响获得有价值的见解的目的是耐药菌株的特异性克隆的持久性将会对美国合作在cahfs进行了持续的研究已经表明这样涉及洲际传输某些流行克隆的一个潜在的欧洲血统。

这项研究的目标是使用分离的全基因组测序(WGS)信息,敬请食源性致病菌(空肠弯曲菌沙门氏菌, 和 大肠杆菌)从人类和动物的起源恢复从欧洲和美国市场执行源归因模式的研究,可以帮助确定某些新兴人畜共患病原体感染的最可能的来源。研究将包括数百个细菌分离株的WGS在美国收集到的分析和欧洲。研究人员使用原始用于重建系统发育读取比对,并使用基因组组件用于检测不同的遗传特性,如抗微生物抗性基因和毒力因子。此外,时间标度的系统发育重建某些病原体会使用贝叶斯进化分析采样树(兽)平台来施加。这个平台需要运行多个型号,长马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)链,它可以计算能力的要求。

项目调查

博士。胡利奥·阿尔瓦雷斯
埃胡德·elnekave
seunghyun LIM
 
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